安徽医科大学附属巢湖医院前身是中国人民解放军皖南军区陆军医院， 1951年9月成立于芜湖市。1952年6月，奉命迁移至肥西张新圩，同年8月集体转业并移交省卫生厅，更名为安徽省第四康复医院。1954年3月，迁到巢湖市现址。1960年7月，更名为安徽省立巢湖医院，隶属省卫生厅。1969年，巢湖行署成立后，医院下放巢湖地区，更名为巢湖地区人民医院。2000年，巢湖撤地设市，医院更名为巢湖市第一人民医院。2006年3月，被评为三级甲等医院。2011年3月，成为安徽医科大学非直属附属医院。2011年9月，因区划调整，医院被划转为合肥市卫生局直属事业单位。2012年12月，经省人民政府批准，医院移交安徽医科大学管理，更名为安徽医科大学附属巢湖医院。经过六十多年的建设和发展，已成为一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等功能为一体的综合性医院。
医院占地面积17万平方米，建筑面积8万平方米。医院编制床位880张，开放床位1021张，设置门诊部2个，临床科室32个，医技科室10个。在岗医护员工1200多人，拥有高级职称110人（其中主任医师23人）、中级职称310人，安徽医科大学硕士点10个，硕士生导师11人。
医院拥有64排和6排螺旋CT、1.5T超导型核磁共振、中能15兆伏直线加速器、DSA、DR、全自动生化分析仪、数字彩超、肺功能仪、人工心肺机、多功能数字化胃肠机、数字化钼靶机、电子胃镜、电子肠镜、胰十二指肠镜、腹腔镜、呼吸机、血透机、手术显微镜、关节镜等大型医用设备，总价值约1.2亿元。
为加强医院内涵建设，提高医疗技术水平，医院全面实施科技兴院战略，注重人才培养和学科建设，逐渐形成了院有特色、科有重点、人有专长的格局，神经外科、普通外科、妇产科、重症医学科是原巢湖市临床医学市级重点学科。医院拥有原巢湖市第五批拔尖人才4人，市第六批拔尖人才2人，市中青年学科带头人3人。近3年获巢湖市科技进步二等奖3项，三等奖1项，通过省级科研成果鉴定4项。
医院坚持“以病人中心”的服务理念，不断改善服务态度，提高服务水平，赢得了社会各界的广泛赞誉，医院的精神文明建设硕果累累。医院先后获得“全国卫生系统先进集体”、“全国百姓放心示范医院”、“全国巾帼文明示范岗”、“全国工会女职工先进集体”、省“十佳医院”、省“医德医风示范医院”和“诚信医院”、省厂务公开民主管理工作先进和示范单位、省“三下乡”先进集体、省青年文明号、省级园林式单位等光荣称号。
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